Trước năm 2012, trung tâm tỉnh Manisa trước đây là thành phố tỉnh lỵ (merkez ilçesi) Manisa. Năm 2012, Thổ Nhĩ Kỳ thông qua luật, công nhận các tỉnh có dân số trên 750.000 người là những đại đô thị tự quản (büyükşehir belediyeleri). Theo đó, thành phố tỉnh lỵ Manisa cũ được tách thành 2 huyện Şehzadeler và Yunusemre. Hiện tại, thành phố Manisa được chia thành 17 huyện hành chính:

• Ahmetli
• Akhisar
• Alaşehir
• Demirci
• Gölmarmara
• Gördes
• Kırkağaç
• Köprübaşı
• Kula
• Salihli
• Sarıgöl
• Saruhanlı
• Selendi
• Soma
• Şehzadeler
• Turgutlu
• Yunusemre